ブラックシンカリオンオーガに勝利して半年、パイロット運転士たち。休暇のハヤトたちをゴジラのような怪物体が襲う。急遽、E5はやぶさmk2と923ドクターイエローで応戦するハヤトと父ホクト。攻撃を受けるハヤトを庇った父は光に消える。現場で発見された謎の少年と新型シンカリオンALFA-X。
みんなの好きを繋いでいた父さんの子どもの頃の自由帳。超進化研究所東京駅中央迎撃システムに勢揃いするシンカリオンオールスターズ。時空を越えて炸裂するアルティメットグランクロス。
そう長くもない上映時間のうち、かなりの時間を変形シークエンスに使いますがご愛嬌。TOHO肝煎りでゴジラもエヴァンゲリオンもコラボ。地味に胸を打つ佳作。