昇進も退役も断り、現役のパイロットを続けるピート"マーヴェリック"に与えられた最期のミッションは、かつて自分もいたトップガンに戻り、そこを卒業したエリート中のエリートをわずか3週間で訓練し、難関ミッションのメンバーを選抜することだった。その中…