テレビゲーム『マトリックス』で成功を収めたゲームデザイナーのトーマス・アンダーソンは日常に違和感をおぼえていた
街の中のカフェで見掛けた人妻のティファニーに何処かで会ったような気がしていた
そんな時、自分の作ったゲームの中のキャラクターであるモーフィアスが目の前に現れ、今いる世界は幻であり、自分はマトリックスの世界のネオであると知らされる
そして、ティファニーこそ唯一愛した女性であるトリニティーであり、彼女を現実に連れ戻すために元の世界にダイブする
前作から20年以上、作中では60年の時を経た正統な続編
